先に触れたように、欧州単一効特許制度を完全に運用するためには、規則や課題に関する一連の基本的な決定が必要であった。「従来の」欧州特許の付与手続きとの相互の関係について明確にすることが必要だった。
例えば、この時点では、単一効特許は遡って保護されることが決定されていた。つまり、第一段階として、EPCに基づく欧州特許保護のための「従来の」規則手続きに基づいて欧州特許が付与されることになる。そして、欧州特許の付与後、欧州特許の付与時に欧州単一効特許制度に参加している参加加盟国に対して、単一効力の要求をすることができる。 欧州で特許を保護するために2つ以上の異なる方法を用いることで、いかなる場合も二重保護が防止されることを（加盟国が）保証する必要があった。参加加盟国と欧州特許庁の間の任務分担についての明確な規定や、単一効特許実現に向けた準備作業のための構造を定義する必要があった（例えば、特別委員会や準備委員会の設立など）。また、手数料の支払いや徴収、欧州特許庁と加盟国間の手数料の分配、手数料の額の決定についてもこのような制度を稼動させる前に明確にしておく必要があった。
単一効力を持つ欧州特許に関する事件を審理する統一特許裁判所の設立は、特許保護の適切な手段、判例の一貫性、法的確実性を確保するために不可欠であると説明されている。その結果、統一特許裁判所の設立は、単一効特許制度が欧州で十分に機能するための主要な前提条件であると定められました。また、設立によって特許権者にとっての費用対効果も顕著に向上することが見込まれた。加盟国が統一特許裁判所に関する協定を最優先で批准することが最も重要であることが、文書でも強調されていた。加盟国は、この裁判所ができるだけ早く運用を開始できるよう、国内の憲法および議会で必要な全ての手続きをできるだけ早く行うべきである。
さらに、この文書では、ヨーロッパで特許保護を求める既存の方法のいずれも、単一効特許によって置き換えられることはない、と明確に表現している。また、単一効特許に関するEU規則は、欧州における特許保護のための従来の方法を置き換えるものでも、加盟国の特許に関する法律を置き換えるものでもないはずである。特許出願人は、国内特許、単一効力を有する欧州特許、EPCの1つ以上の締約国で効力を有する欧州特許、または、強化された協力の枠組みの中で、統一特許制度の参加加盟国ではないEPCの1つ以上の締約国で追加的に有効な単一効力を有する欧州特許を、引き続き自由に取得すべきである。
単一効力を持つ欧州特許はより効果的であり、（欧州のいくつの国で特許保護を求めるかにより）コストと時間を節約し、（単一効力を登録した時点での参加国の数により）欧州連合のできるだけ多くの国で、同じ法的効果の特許保護を提供するはずである。また、忘れてはならないのは、例えば米国や日本での特許保護の費用と比較して、少なくとも財政的な意味で欧州での特許保護の魅力を高める側面がある。
年次更新料の水準の設定に関しては、規則が手数料を設定するための枠組みを提供している。この文書では、年次更新の料金は、現行の欧州特許の平均的な水準と同等に設定されるべきであると述べられている。
これらのガイドラインを念頭に、2015年6月24日、欧州特許庁の行政審議会特別委員会は、欧州特許庁が提案した単一効特許に適用される統一更新料の「真のトップ4」を、必要数である4分の3の賛成で承認した。統一特許制度に参加している25（2015年時点）のEU加盟国をカバーするのに提案された料金は、前年に欧州特許が最も多く権利化された4カ国（ドイツ、フランス、イギリス、オランダ）で支払われた更新料金の合計に相当するものである。これによって、費用面において重要な決定の一つが下されたのである。
欧州特許庁と加盟国間の更新料の分配については、単一効力を有する欧州特許の更新料の50％を欧州特許庁が保持することが、事前に決定されていました。残りの料金は、参加する加盟国に支払われるべきである。加盟国に分配される割合は、各加盟国の市場規模や特許出願件数に基づいて決定されるべきである。これはいかなる場合も、参加加盟国に最低額が分配されることも保証されなければならない。欧州特許庁の公用語以外の言語を公用語とする加盟国や、特許活動のレベルが不釣り合いなほど低い加盟国には、この規則による特別な補償も提供されるべきである。
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