強化された協力を実施する理事会の2つの規則は、欧州連合（EU）の単一特許プロジェクトの進歩の復活の基盤であったが、第3の要素は、単一効果を有する欧州特許および「従来の」欧州特許のための1つの独自の統一特許裁判所の設立だった。これは、システム全体を実際に機能させ、システム全体を適用可能にするための決定的な重要な要素である。
2つの規則とは異なり、統一特許裁判所に関する協定は、単一効特許に関する協力強化の分野における参加加盟国間の政府間協定である。この協定は、2つの規則がEU議会と理事会で採択されてからわずか2ヶ月後の2013年2月19日に、スペインを除く25のEU加盟国によって署名された。EU加盟国の大半は、2013年直ちに協定に署名していた。とはいえ、協定の前文には将来的にどのEU加盟国も加盟できることが明記されている。
協定の前文では、特許市場が細分化され、各国の裁判制度が大きく異なっていることが、特に中小企業の技術革新に悪影響を及ぼしていると述べ、以前の状況に言及している。規則1257/2012により、特許権者は、強化された協力体制に参加する欧州連合加盟国において単一の特許保護を受けるために、欧州特許の単一効果を要求することができるという、今後の新しい状況についても言及されている。特許の権利行使を改善し、根拠のない請求項や取り消されるべき特許に対する防御を改善し、特許の侵害と有効性に関する訴訟のために統一特許裁判所を設立することによって、法的確実性を高めることの重要性が明確に表明されている。統一特許裁判所は、単一効果を有する欧州特許およびEPCの規定に基づいて付与された、欧州特許に関する排他的権限を有する締約国共通の裁判所であるべきであり、加盟国の司法制度の一部であるべきであるとして、統一特許裁判所の独自の役割を強調している。この協定は、欧州連合（EU）のどの加盟国も加盟できるものでなければならない。しかし、単一効特許保護の創設の分野における強化された協力に参加しない加盟国にも、他の特許保護の機会が明示的に述べられている。これらの加盟国は、それぞれの領域で付与された欧州特許に関して、この協定に参加することができる。
この協定は、2014年1月1日、または加盟国による13回目の批准書の寄託から4カ月目の初日に発効することが決定されていた。ただし、批准書または加盟書を寄託した加盟国には、協定の署名が行われた年の前年において、最も多くの欧州特許が有効であった3カ国が含まれる。2013年に25の加盟国が協定に署名した時点で、協定の署名が行われた年の前年、すなわち2012年、自国の領域で有効な欧州特許の件数が最も多かった3カ国は、ドイツ、フランス、イギリスであった。イギリスの欧州連合離脱と2020年7月20日の声明により、同国はUPC協定の規則に拘束されることへの同意の撤回を宣言したため、有効な欧州特許の数が最も多い3つの加盟国に関する条件を新たに解釈する必要があった。その結果、イギリスに代わってイタリアが発効することになった。これにより、協定発効の条件は、ドイツ、フランス、イタリアの批准書寄託によって満たされることになる。フランスとイタリアはすでに2014年と2017年に批准書を寄託しているため、協定の発効には、少なくとも13の加盟国による協定の批准という基本条件のほかに、ドイツによる協定の批准が満たされるべき残りの条件となった。
統一特許裁判所に関する協定の第1条には、欧州特許および単一効果を有する欧州特許に関する紛争を解決するための統一特許裁判所の設立が明記されている。統一特許裁判所は、協定加盟国に共通の裁判所であるため、協定加盟国の国内裁判所と同様の義務を負う。
この協定は、単一効果を有する欧州特許、特許で保護された製品に対して発行された補足保護証明書、協定の発効日にまだ失効していない、または発効日以降に付与された欧州特許、または協定の発効日に係属中である、または発効日以降に出願された欧州特許出願に適用される。
裁判所は、第一審裁判所、控訴裁判所および登録所から構成される。
第一審裁判所は、中央部と地方部および地域部から構成される。中央部はパリに本部を置き、ロンドンとミュンヘンに支部を置く。(注：イギリスの欧州連合離脱のため、ロンドン支部は設置されない。この3つ目のセクションをどの場所に設置するかについては、より長い期間にわたって話し合いが続けられていた）。地方部門は、要請に応じて締約国に設置される。各締約国における地方部門の数は最大4部門に制限されていた。さらに協定では、2つ以上の締約加盟国の要請があれば、地域部門を設置することも可能としている。
この協定では、第一審裁判所のいかなる合議体も多国籍の構成となることが定められている。通常、裁判所の法廷合議体は3名の裁判官で構成される。年間の特許事件が50件未満の地方部門の合議体は、その地方部門を管轄する締約国の国民である法的資格を有する裁判官1名と、その締約国の国民でなく法的な資格のある裁判官2名の構成で議席を有するものとする。特許事件が年間50件を超える締約国においては、その締約国の国籍を有する2名の法的資格を有する裁判官及びその締約国の国籍でなく法的な資格を有する裁判官1名から構成されるべきである。当該国の国民でない裁判官は、登録された裁判官から割り当てられる。
中央部門の合議体は、異なる締約国の国民である法的資格を有する2名の裁判官と、裁判官の中から割り当てられた技術的な資格を有する裁判官1名で構成される。控訴裁判所の合議体は、多国籍の5人の裁判官で構成されるものとする。その構成は、異なる締約国の国民であり法的な資格のある裁判官3人と、当該技術分野における経験と技術的な資格をもつ2名の裁判官とされる。
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