登録所は、控訴裁判所の所在地に設置され、登録官によって管理される。また、登録簿は公開される。補助登録所は、第一審裁判所のすべての部に設置される。登録所は、裁判所でのすべての事件の記録を保管する。
UPCには3つの委員会が設置される。本協定の効果的な実施と運営を確保するために、管理委員会、予算委員会、諮問委員会が設置されるものとする。運営委員会および予算委員会は、各締約国の代表1名で構成される。諮問委員会は、特許法及び特許訴訟に関して最高水準の能力を有した特許裁判官及び実務家で構成される。諮問委員会は、関連する専門知識を幅広く有するものとし、委員は、その職務の遂行において完全に独立していなければならない。
裁判所は、法的資格を有する裁判官と技術的資格を有する裁判官の両方で構成される。裁判官は、最高水準の能力を持ち、特許訴訟の分野での実績を有するものとする。法的な資格を有する裁判官は、司法職に任命されるための資格を有している必要がある。技術的な資格を有する裁判官は、大学の学位を有し、技術分野において実績があり、専門知識を有するものとする。また、特許訴訟に関連する民法および訴訟手続に関する知識も有するものとする。
裁判官は規約に従って設立される。そして、第一審裁判所の法的資格を有する常勤裁判官または非常勤裁判官で構成される。
裁判所は、連合法を全面的に適用し、その優先権を尊重するものとする。
欧州特許の場合、裁判所の決定は、欧州特許が効力を有する締約国の領域を対象とするものである。
裁判所の予算は、裁判所自身の財政収入と、少なくとも7年間の暫定期間においては、締約国からの拠出金によって賄われる。予算はバランスが取れているものとする。
裁判所内には特許調停仲裁センターを設置することとなった。センターはリュブリャナとリスボンに設置される。同センターは、「古典的な」欧州特許および単一効特許に関する紛争の解決を支援する。裁判所は、特許調停仲裁センターの施設を利用して和解の可能性を当事者と検討することができる。
協定には統一特許裁判所の規約が添付された。この規約では、裁判所の組織と機能の詳細を定めている。
裁判所での訴訟手続きの当事者は、締約加盟国の裁判所に対する代理権を有する弁護士によって代理されるものとする。また、欧州特許庁において専門的代理人として活動する権利を有し、欧州特許訴訟証明書などの適切な資格を有する欧州特許弁理士は、裁判所において当事者を代理することができる。
第一審裁判所の訴訟手続、および地方部または地域部における訴訟手続に使用される言語は、当該部を管轄する締約国の公用語、または欧州連合の公用語とする。
締約加盟国は、欧州特許庁の公用語の一つ又は複数を、その地方、または地域部門の手続言語として指定することができる。また、特許が付与された言語を手続言語として使用することに合意することもできる。控訴裁判所での手続き言語は、第一審裁判所の手続きと同じ言語を手続言語とする。
原則として、裁判費用は前払いされる。この協定では、訴訟手続きにかかる費用を負担できない人は、いつでも法律援助を申請できることも定められている。
第一審裁判所の決定に対する上訴の期限は、裁判所の決定が通知された日から2ヶ月以内と定められている。裁判所の決定および命令は、どの締約加盟国においても強制力を持つものとする。
原則的には、新たに設立される統一特許裁判所は、「古典的な」欧州特許および単一効果を持つ欧州特許の侵害訴訟を扱う唯一の機関として規定されているが、特定の限定された期間については、このような訴訟を国内裁判所レベルでの扱いを維持する経過規定も規定されている。協定の発効日から7年間の経過措置期間中は、欧州特許の侵害訴訟や取消訴訟は、国内裁判所またはその他の管轄当局に提起することができる。すでに国内裁判所に対して訴訟が提起されている場合を除き、移行期間終了前に付与された欧州特許の所有者または出願人は、裁判所の排他的管轄権から脱退することができる。また、移行期間が満了する遅くとも1ヶ月前までに脱退を届け出る必要がある。統一特許裁判所の排他的管轄権からのオプトアウトを利用した欧州特許の所有者または出願人は、すでに国内裁判所に訴訟が提起されていない限り、いつでもオプトアウトを撤回する権利を持つ。本協定の発効から5年後、管理委員会は、侵害訴訟、取消訴訟、無効宣告訴訟が依然として国内裁判所に提起されているかどうか、特許制度の利用者と広範な協議を実施するものとする。この協議と裁判所の意見に基づき、管理委員会は移行期間をさらに最大7年間延長することを決定することができる。
協定の発効から7年後、または裁判所で侵害訴訟が2000件の判決を受けた時点のいずれか遅い段階で、利用者との幅広い協議と裁判所の意見に基づき、裁判所の運営委員会は、裁判所の機能を改善させる目的で、本協定の改定を決定することができる。
前章 第73章：統一特許裁判所（1）
次章 第75章：統一特許に向けた準備段階