2017年3月にドイツ連邦憲法裁判所に提出された連邦議会（ドイツ議会）での承認法に対する憲法上の申立てにより、プロセス全体にとってさらなる遅延要因が出現した。
訴状の中で、原告は、統一特許裁判所（UPC）協定の承認行為が、基本的権利に相当する権利であるドイツ基本法（Grundgesetz）第20条第1項および第2項ならびに第79条第3項に関連する、第38条第1項前段に由来する権利を侵害していると主張した。さらに原告は、UPC法が連邦議会において、基本法第23条第1項第3文と基本法第79条第2項の下で要求される適格多数決によって採択されたものではないと主張した。
第38条第1項は、ドイツ連邦議会の議員は、普通、直接、自由、平等、秘密の選挙によって選出されると定めている。彼らは全人民の代表であり、指示命令に拘束されず、彼らの良心にのみ責任を負う。
第20条第1項は、ドイツ連邦共和国が民主的かつ社会的な連邦国家であると定めている。第20条2項は、すべての国家権力は国民に由来すると定めている。国家権力は、選挙その他の投票を通じて、また特定の立法、行政、司法の機関を通じて、国民によって行使される。
第23条第1項は、欧州連合の設立、およびこの基本法を改正もしくは補足する、またはそのような改正もしくは補足を可能にする条約上の基盤の変更および同等の規則は、第79条第2項および第3項に従うものとすると定めている。
第79条2項は、基本法の改正は連邦議会議員の3分の2および連邦参議院（Bundesrat）の3分の2の賛成によって成立すると定めている。
要するに、このような協定を議会で採択するために必要な規則（すなわち、UPC協定の採択には連邦議会議員の3分の2の賛成票が必要）が議会によって正しく守られておらず、その結果、請求者の基本的権利が侵害されたということである。
事実、連邦議会でこの議題が採決された日、異議申立てのあった承認案は、連邦議会の第3読会で全会一致で採択されたが、出席したのは約35名の連邦議会議員みであった。連邦議会は定足数を確認する手続きをとらず、連邦議会議長も承認法が適格多数で採択されたことを宣言しなかった。この日、必要な3分の2以上の賛成はまったく得られなかった。
その結果、連邦憲法裁判所は、2020年2月13日付の判決で、統一特許裁判所に主権を移譲するための統一特許裁判所協定承認法は無効であるとの判断を下した。その結果の点で、同法は実質的に憲法を改正するものであるが、連邦議会では必要な3分の2以上の賛成を得ていなかった。上院は、民主的な手段によって欧州統合のプロセスに影響を及ぼす市民の権利を保護するためには、原則として、基本法が規定する方法によってのみ主権が移譲されることを求める市民の権利も必要であると述べた。それに違反して採択された国際条約の承認行為は、欧州連合や、欧州連合を補完する、あるいは欧州連合と密接に結びついたその他の国際機関による公権力の行使に対して、民主的な正当性を与えることはできない。
連邦憲法裁判所のこの決定により、ドイツではUPC協定の批准に関するさらなる進展が当面阻止されることになった。そしてこのことは、UPCの設立という欧州全体のプロセスにさらなる遅延効果をもたらすことになった。ドイツでは批准プロセスを再開する必要があった。
近年、他の参加国が批准手続を進めている中、ドイツ議会は、この決定から短期間で、2020年中に、UPCの承認法を採択するための2回目の試みを開始した。2020年11月26日、統一特許裁判所に関する協定の承認法がドイツ議会で採択され（この時は、正式に要求された3分の2以上の賛成で）、その後、2020年12月18日に連邦参議院で採択された。これにより、欧州連合への批准書寄託の道が開かれた。
しかし、議会がUPC協定を承認した直後、ドイツ連邦憲法裁判所にUPC協定に対する2つの仮差止め申請が提出された。
今回、原告団は基本的に、基本法第20条第1項および第2項ならびに第79条第3項に関連する基本法第38条第1項前段に由来する民主的自決権の侵害主張した。法の支配の原則、効果的な法的保護を受ける基本的権利、EU法に違反し、UPC協定第20条に規定されたEU法の優先は、基本法第79条第3項に規定されたドイツ憲法上のアイデンティティに対する許されざる侵害であると彼らは主張した。
2021年6月23日に公表された命令において、連邦憲法裁判所第二上院は、統一特許裁判所に関する2013年2月19日の協定を批准する目的で2020年12月18日に採択された承認法に対する2件の仮差止め申請を却下した。同裁判所はその理由の中で、主訴訟において申し立てられた憲法上の訴えは、申立人が基本的権利の侵害の可能性を十分に主張・立証していないため、受理されないと述べた。連邦憲法裁判所は、2021年6月23日付判決の理由に従い、2022年7月13日付判決を下し、その中で、提出された憲法上の訴えの不受理が明記された。さらに、この命令は最終的なものであり、これ以上争うことはできないとされた。この裁判所の決定により、問題は最終的に解決された。
これにより、他の満たすべき形式的要件（特に、加盟国における批准手続きと、UPC協定の発効に必要な最低批准国数）に加えて、単一効特許保護に向けた最後の本質的な障害が克服された。
13番目の加盟国であるオーストリアがUPC協定の仮適用議定書の批准書を寄託（2022年1月18日寄託）したことにより、UPCの全面的な運用開始に向けて、2022年1月19日からUPC協定の仮適用期間を開始することができた。それまでに残された重要なステップは、加盟国の中で義務付けられている第3の大国、すなわちドイツによるUPC協定の批准議定書の寄託であった。最終的にドイツは、2023年2月17日に欧州連合理事会事務総局に批准書を寄託した。これにより、2023年3月1日から3ヶ月間のサンライズ期間が開始されることになった。そして、統一特許裁判所は、2023年6月1日から完全に運用されるようになった。
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